במורדות המערביים של הר ציון, תלוי מעל גיא בן הינום אחד המבנים הראשונים שנבנו מחוץ לחומות העיר ירושלים בעת החדשה – בית הספר של הבישוף גובאט. בית הספר קרוי על שמו של הבישוף השני והנמרץ של הבישופות הפרוטסטנטית המאוחדת בירושלים – סמואל גובאט.
כיום ממוקם בבניין הקולג' האמריקאי לחקר ארץ הצבי אך בעבר התגוררו בו דיירים אחרים.
סיפורו של המבנה התחיל באמצע המאה ה19 בסכסוך שכנים אופייני לירושלים – בין שני בתי קברות. הקהילה הפרוטסטנטית שזה מקרוב הגיעה לירושלים חיפשה מקום לקבור בו את מתיה. החל מ 1843 קיבלה הקהילה אישור לקבור סמוך לבית הקברות המוסלמי ממילא, אך מהר מאוד מבקרי בית הקברות הביעו אי שביעות רצון משכניהם החדשים (תלונתם של המתים, לעומת זאת, לא נשמעה מעולם). השיא הגיע בשנת 1847 כאשר לוויה פרוטסטנטית התקיימה באותן השעות בסמוך ללוויה מוסלמית. המוסלמים התלוננו בפני הבישוף גובאט שבנסיבות אלו הנקברים הנוצרים עשויים להרוויח מתפילותיהם של המאמינים הנוצריים ועל כן הם דורשים לפנות באופן מיידי את בית הקברות.
לאחר דין ודברים מתמשך עם הרשויות, הקהילה הפרוטסטנטית רכשה חלקת אדמה במורדות הר ציון כדי להקים בו את בית הקברות. הנקברים שנקברו באיזור ממילא הועברו להר ציון וכך קרה שחלק מהנקברים במקום נפטרו מספר שנים טרם הקמתו של בית הקברות.
למידע נוסף על בית הקברות באתר בתי הקברות של הר ציון.
לאחר שנים ספורות הבישוף סמואל גובאט החליט שבהר ציון יש מקום גם לחיים ולא רק למתים. גובאט מיקד את מאמציו המיסיונרים בקהילות הנוצריות המזרחיות בירושלים, שלא כקודמו בתפקיד שניסה לפעול בקרב היהודים והמוסלמים. גובאט החליט לפתוח מוסד חינוכי שיקום על חלק מהאדמה שיועדה מלכתחילה לבית הקברות.
בית הספר החל את פעילותו בשנת 1853, והיה אחד המתחמים שבישרו את היציאה מחומות העיר העתיקה. מספר שנים לאחר מכן הפך להיות בית ספר לבנים בלבד שנוהל על ידי חברת המיסיון הכנסייתית ( Church Missionary Society ) האנגליקנית. רוב התלמידים שלמדו בבית הספר היו ערבים יתומים אך למדו בו גם מעט יהודים ואחרים. שפת הלימוד בכיתות הייתה אנגלית.
" האחראית על בית הספר היא אשתו של הבישוף גובאט. בניין בית הספר מוצק, ובחדרים נעים וקריר. כאן לומדים ומתחנכים 50-40 נערים, בעיקר ערבים, ובחלקם הגדול יתומים. שפת ההוראה היא אנגלית. בית הספר מוחזק בסדר צבאי, ושורר בו ניקיון למופת. התלמידים לומדים גם מקצועות מעשיים; יש בבית הספר בית מלאכה לחייטות וסנדלריה. בכיתה אחת מכשירים מורים לעתיד. "
ג. אורלי 1878
תחילה נקרא בית הספר Diocesan Boys School ולאחר מותו של מייסדו ומנהלו נקרא על שמו של הבישוף גובאט, וכך נודע בירושלים. גלימתו הרשמית ומעט מחפציו האישיים של גובאט מוצגים במבואה המובילה לספרייה שבתוך הקולג', ומצבת קברו ניצבת בבית הקברות שבחצר המוסד.
בשנות השלושים הורחב מבנה בית הספר ונוספו לו אגפים חדשים מתוך ציפייה ורצון להתרחב ולגדול, אך שנים ספורות לאחר מכן, עם הדרדרות המצב הביטחוני נאלץ בית הספר לעבור לירושלים המזרחית ובסופו של דבר הוא אוחד עם בית הספר האנגליקני סט. ג'ורג', מצפון לשער שכם.
ב1948 היה הר ציון מובלעת ישראלית בשטח ירדני ובית הספר הפך לעמדה של צבא ההגנה לישראל. החיילים הישראלים השאירו מספר כתובות גרפיטי על קירות המבנה, אחת מהן מתארת קצין SS גרמני, אולי בכך הביע החייל את רצונו לנקום בנאצים.
בנוסף, חיילי צה"ל השאירו בתחומי המבנה סוד צבאי שמור. ב 1948 נמתח רכבל בין בית הספר גובאט לבית החולים לעיניים סט. ג'ון (כיום מלון הר ציון) מעברו השני של גיא בן הינום אשר סייע בשמירה על קשר בין העיר המערבית להר ציון המנותק. עצם קיומו של הרכבל נשמר בסוד. במהלך שעות היום הונמך הרכבל לקרקעית הגיא, ובשעות הלילה נמתח הכבל והתאפשר השימוש בו. קיומו של הרכבל נשמר בסוד עד שנות השבעים, כאשר לא היה בו צורך עוד.
באמצע שנות השישים שכנו בחלק ממבנה בית הספר מספר מוסדות חינוך יהודיים, וביניהם בית ספר "פלך".
בשנת 1966 הקולג' האמריקאי לחקר ארץ הצבי קיבל רישיון לפעול בבית הספר גובאט. כניסתו של הקולג' התאפשרה מספר חודשים לאחר מכן, לאחר מלחמת ששת הימים. מייסד הקולג', דגלאס יאנג, קבור אף הוא בבית הקברות במתחם. המבנה שופץ וכיום משמש כקמפוס אקדמי ללימודי ארכיאולוגיה ומקרא. עיקר הלומדים בו הם סטודנטים אמריקאים.
