סמוך לצריח המסגד על גג חדר הסעודה האחרונה נמצא חדר קטן, דחוס ומלא בקישוטים, מתנות ותמונות שנתרמו מרחבי הארץ והעולם.
בימי שני בשעות הבוקר פותח את המקום יעקב נענה, גבאי בית הכנסת הספרדי, מכבד את העוברים והשבים בכוס תה מרווה משובח שהביא במיוחד מהרי מירון ומספר להם מסיפורי ירושלים והר ציון.
אחת לשבוע, מידי יום שני בערב, מקיים יעקב סעודת מצווה ושיעור תורה בחדרון הקטן, ובדרך זו ממשיך את מורשת אביו, ר' אליהו נענה, הגבאי הראשון של בית הכנסת הספרדי שקיים אף הוא סעודה דומה בחדר הנשיא. נענה פותח את המקום לכולם, בחינם וכל הרוצה לבוא מוזמן.
בשנות החמישים, שמואל זנגוויל כהנא, מנכ"ל משרד הדתות דאז פעל רבות על מנת לחזק את מעמדו של קבר דוד כאתר קדוש, ובעת ובעונה אחת לשוות לו מעמד ממלכתי. כיוון שהר ציון היה שלוחה ישראלית אל תוך שטח ירדני, גג חדר הסעודה האחרונה היה אחד המקומות היחידים בירושלים בהם ניתן היה לצפות לעבר כיפת הסלע ולהזכר בכותל המערבי, ולהביט לעבר הר הזיתים ולהזכר במתים הקבורים שם.
לפיכך, שז"ך החליט להקצות חדרון קטן על גג הבניין לטובת נשיא המדינה הראשון, חיים וייצמן, ולכנותו 'חדר הנשיא'. בחדר הציב שז"ך ספר תורה שנכתב לרגל יום הולדתו השבעים וחמישה של וייצמן. הספר הושם בארון קודש מכוסה בפרוכת שיובאה במיוחד מהעיר מוטולה בספרד, עיר הולדתו של וייצמן. כמו כן הציב סמוך לאחד הקירות את "כיסא הנשיא" שהישיבה בו שמורה לנשיא בלבד.
כהנא תיאר כך את 'חדר הנשיא': "החדר משמש זכר לחידוש המסורת העתיקה של שני ספרי תורה שהיו בימי קדם לנשיא בישראל, האחד בביתו והאחד בבית הגנזך של המדינה" (חורשת ההר, כ', שז"ך).
כהנא הזמין את וייצמן לבקר במקום ואף חיבר אגדה שתקשור אותו ל'חדר הנשיא', אולם וייצמן מצידו לא גילה התעניינות רבה ולא ביקר במקום ולו פעם אחת.
לעומתו וייצמן, הנשיא השני יצחק בן צבי דווקא גילה עניין רב ב'חדר הנשיא' ונהג להגיע בעיקר בחגים ובמועדי עליה לרגל לברך את המטיילים שהגיעו להר. היום 'חדר הנשיא' ו'מצפה הנשיא' (התצפית מעל גג הבניין) מזוהים עם הנשיא השני יצחק בן צבי ולא עם וייצמן.
במצפה הנשיא ישנה מצבת זיכרון ללוחמים שנפלו במהלך הקרבות ברובע היהודי בשנת 1948, ונקברו בקבר אחים בתוך הרובע היהודי. אחרי 1967 הועברו גופותיהם לקבר אחים בהר הזיתים.
בשנות השבעים המקום איבד את מעמדו הממלכתי ור' אליהו נענה, גבאי בית הכנסת הספרדי שמר וטיפל בו.
שעות הפתיחה: ימי שני 10:00 – 14:00 ו 19:00 – 21:00 (סעודה). ללא עלות.